Markus Elsner, 1970 in München geboren, studierte Dirigieren bei Ulrich Weder und Edwin Scholz. Entscheidende Impulse für seine Arbeit bekam er durch Meisterkurse bei Jorma Panula. Als Gastdirigent am Teatr Wielki Lodzs (Polen), an der Ukrainischen Nationaloper Lviv, dem Freien Landestheater Bayern und bei zahlreichen Tournee-Produktionen erarbeitete er sich ein Repertoire von mehr als 30 Opern.
Verpflichtungen als Dirigent verschiedener Kammerorchester führten ihn außerdem nach Österreich, Bulgarien und in die Ukraine. Markus Elsner setzt sich intensiv für zeitgenössische Musik ein und dirigierte zahlreiche Ur- und Erstaufführungen. 2006-2019 leitete er das Ensemble Zeitsprung.
Seit 2011 ist er Künstlerischer Leiter der Tage der Neuen Musik Bamberg und seit 2018 in der gleichen Position beim CD-Label NEOS.
Ab 2020 ist er Künstlerischer Geschäftsführer des Ensembles der/gelbe/klang. Er arbeitete mit bedeutenden Komponisten der Gegenwart zusammen, darunter Mark Andre, Rodion Shchedrin, Moritz Eggert, Minas Borboudakis und Wilfried Hiller.
Markus Elsner wurde für seine Arbeit vielfach ausgezeichnet, so mit dem Bayerischen Kunstförderpreis 2009. Er erhielt das Richard-Strauss-Stipendium und das Musikstipendium der Stadt München, das Richard-Wagner-Stipendium und den Merkur Förderpreis. 2008/09 war er Stipendiat im Internationalen Künstlerhaus Villa Concordia in Bamberg.
Seit April 2007 ist Markus Elsner musikalischer Leiter des Siemens-Orchesters München e.V.